Item


Functional genomics of the periderm: the biosynthetic gene FHT, the transcriptional regulator StRiK and the transcriptome deciphering

We have developed new molecular tools to characterize the FHT and StRIK genes in the tuber periderm. Regarding FHT gene, our results demonstrated that is induced very specifically in suberizing tissues what makes FHT a good marker of the suberization process. Regarding StRIK gene, it has been shown to be a good candidate for the periderm regulation since its silencing causes changes in genes expression related to the transposition of DNA, RNA processing and stress. Finally, by RNA-seq we have identified a wide range of new candidate genes for the formation of the cork oak periderm. Among these genes several are related to the formation of the cell wall, cell primary metabolism and suberin accumulation. Other relevant genes are those involved in the regulation of meristem such as auxin transporters and the ethylene metabolism and signaling. The expression patterns of some genes have been studied during the cork growing season.

Hem desenvolupat noves eines moleculars per a la caracteritzaci贸 dels gens FHT i StRIK en el peridermis del tubercle. Els nostres resultats mostren que FHT s鈥檌ndueix de forma molt espec铆fica en teixits suberificats el que el fa un bon marcador del proc茅s de suberificaci贸. En relaci贸 al gen StRIK, hem vist que es un bon candidat a la regulaci贸 de la peridermis ja que el seu silenciament provoca canvis d鈥檈xpressi贸 en gens relacionats amb la transposici贸 de l鈥橝DN, el processament de l鈥橰NA i l鈥檈str猫s. Mitjan莽ant RNA-seq hem identificat nous gens candidats per la formaci贸 de la peridermis en l鈥檃lzina surera, entre ells destaquen gens relacionats amb la formaci贸 de la paret cel路lular, el metabolisme primari i l鈥檃cumulaci贸 de suberina. Tamb茅 destaquen gens relacionats amb la regulaci贸 del meristema com ara els transportadors d鈥檃uxines i el metabolisme i senyalitzaci贸 per etil猫. L鈥檈xpressi贸 d鈥檃lguns gens s鈥檋a analitzat durant la formaci贸 del suro.

Universitat de Girona

Other contributions: Universitat de Girona. Departament de Biologia
Author: Boher Gen铆s, Pau
Date: 2017 February 6
Abstract: We have developed new molecular tools to characterize the FHT and StRIK genes in the tuber periderm. Regarding FHT gene, our results demonstrated that is induced very specifically in suberizing tissues what makes FHT a good marker of the suberization process. Regarding StRIK gene, it has been shown to be a good candidate for the periderm regulation since its silencing causes changes in genes expression related to the transposition of DNA, RNA processing and stress. Finally, by RNA-seq we have identified a wide range of new candidate genes for the formation of the cork oak periderm. Among these genes several are related to the formation of the cell wall, cell primary metabolism and suberin accumulation. Other relevant genes are those involved in the regulation of meristem such as auxin transporters and the ethylene metabolism and signaling. The expression patterns of some genes have been studied during the cork growing season.
Hem desenvolupat noves eines moleculars per a la caracteritzaci贸 dels gens FHT i StRIK en el peridermis del tubercle. Els nostres resultats mostren que FHT s鈥檌ndueix de forma molt espec铆fica en teixits suberificats el que el fa un bon marcador del proc茅s de suberificaci贸. En relaci贸 al gen StRIK, hem vist que es un bon candidat a la regulaci贸 de la peridermis ja que el seu silenciament provoca canvis d鈥檈xpressi贸 en gens relacionats amb la transposici贸 de l鈥橝DN, el processament de l鈥橰NA i l鈥檈str猫s. Mitjan莽ant RNA-seq hem identificat nous gens candidats per la formaci贸 de la peridermis en l鈥檃lzina surera, entre ells destaquen gens relacionats amb la formaci贸 de la paret cel路lular, el metabolisme primari i l鈥檃cumulaci贸 de suberina. Tamb茅 destaquen gens relacionats amb la regulaci贸 del meristema com ara els transportadors d鈥檃uxines i el metabolisme i senyalitzaci贸 per etil猫. L鈥檈xpressi贸 d鈥檃lguns gens s鈥檋a analitzat durant la formaci贸 del suro.
Format: application/pdf
Other identifiers: http://hdl.handle.net/10803/403400
Document access: http://hdl.handle.net/10256/14065
Language: eng
Publisher: Universitat de Girona
Rights: ADVERTIMENT. L鈥檃cc茅s als continguts d鈥檃questa tesi doctoral i la seva utilitzaci贸 ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, aix铆 com en activitats o materials d鈥檌nvestigaci贸 i doc猫ncia en els termes establerts a l鈥檃rt. 32 del Text Ref贸s de la Llei de Propietat Intel路lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l鈥檃utoritzaci贸 pr猫via i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilitzaci贸 dels seus continguts caldr脿 indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el t铆tol de la tesi doctoral. No s鈥檃utoritza la seva reproducci贸 o altres formes d鈥檈xplotaci贸 efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicaci贸 p煤blica des d鈥檜n lloc ali猫 al servei TDX. Tampoc s鈥檃utoritza la presentaci贸 del seu contingut en una finestra o marc ali猫 a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i 铆ndexs.
Subject: Alzina surera
Cork oak
Alcornoque
Quercus suber
Transcriptome
Transcriptoma
Periderm
Peridermis
Suberin
Suberina
Phellem
58 - Bot脿nica
Title: Functional genomics of the periderm: the biosynthetic gene FHT, the transcriptional regulator StRiK and the transcriptome deciphering
Type: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Repository: DUGiDocs

Subjects

Authors


Warning: Unknown: write failed: No space left on device (28) in Unknown on line 0

Warning: Unknown: Failed to write session data (files). Please verify that the current setting of session.save_path is correct (/var/lib/php5) in Unknown on line 0