Item


Occurrence of antibiotic resistance genes in aquatic microbial communities exposed to anthropogenic activities

The overuse of antibiotics has led to the selection of resistant strains. This thesis investigated the occurrence of antibiotic resistance genes (ARGs) in aquatic microbial communities influenced by anthropogenic activities. In this study, qPCR assays were designed to quantify the plasmid-mediated quinolone resistance in environmental samples. Then, several ARGs conferring resistance to several groups of antibiotics were quantified in biofilms and sediments from a wastewater treatment plant (WWTP) discharge point and the receiving river. Ciprofloxacin-resistant strains were also isolated an screened for the presence of qnr genes and aac(6’)-Ib-cr and their association with extended-spectrum β-lactamases. A multidrug resistance-encoding plasmid from an Aeromonas sp. was further characterized. Overall, ARGs were detected in different matrices (water, biofilm and sediment), both in bacteriophages and bacteria, and different sources (rivers, effluents from several human and veterinary hospitals, subterranean water, chicken faeces and WWTP effluents), indicating that these emerging pollutants are widely distributed in the environments exposed to anthropogenic activities

L’ús excessiu d’antibiòtics ha portat a la selecció de soques resistents. En aquesta tesi es va investigar l’aparició de gens de resistència als antibiòtics (ARGs) a les comunitats microbianes aquàtiques impactades per activitats antropogèniques. En primer lloc, es van dissenyar assajos de qPCR per quantificar gens de resistència a quinolones localitzats en plàsmids. A continuació, es van quantificar diversos ARGs que confereixen resistència a diversos grups d’antibiòtics en biofilms i sediments d’un punt d’abocament d’una planta de tractament d’aigües residuals (EDAR) i del riu receptor. També es van aïllar soques resistents a la ciprofloxacina i es va analitzar la presència de gens qnr i aac (6’)-Ib-cr i la seva associació amb beta-lactamases d’ampli espectre. Per acabar, es va caracteritzar un plàsmid multiresistent procedent d’Aeromonas sp. En general, es van detectar ARGs en diferents matrius (aigua, biofilm i sediments), tant en bacteriòfags com a bacteris, i en diferents fonts (rius, efluents de diversos hospitals humans i veterinaris, aigües subterrànies, excrements de pollastre i efluents d’EDAR) , el que indica que aquests contaminants emergents estan àmpliament distribuïts en els ambients exposats a activitats antropogèniques

This thesis was supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (RYC-2011-08154) and the Fundación Eugenio Rodríguez Pascual, Spain

Universitat de Girona

Manager: Balcázar, José Luis
Jofre i Torroella, Joan
Borrego i Moré, Carles
Ministerio de Ciencia e Innovación (Espanya)
Other contributions: Universitat de Girona. Departament de Biologia
Author: Marti Serrano, Elisabet
Date: 2014 March 7
Abstract: The overuse of antibiotics has led to the selection of resistant strains. This thesis investigated the occurrence of antibiotic resistance genes (ARGs) in aquatic microbial communities influenced by anthropogenic activities. In this study, qPCR assays were designed to quantify the plasmid-mediated quinolone resistance in environmental samples. Then, several ARGs conferring resistance to several groups of antibiotics were quantified in biofilms and sediments from a wastewater treatment plant (WWTP) discharge point and the receiving river. Ciprofloxacin-resistant strains were also isolated an screened for the presence of qnr genes and aac(6’)-Ib-cr and their association with extended-spectrum β-lactamases. A multidrug resistance-encoding plasmid from an Aeromonas sp. was further characterized. Overall, ARGs were detected in different matrices (water, biofilm and sediment), both in bacteriophages and bacteria, and different sources (rivers, effluents from several human and veterinary hospitals, subterranean water, chicken faeces and WWTP effluents), indicating that these emerging pollutants are widely distributed in the environments exposed to anthropogenic activities
L’ús excessiu d’antibiòtics ha portat a la selecció de soques resistents. En aquesta tesi es va investigar l’aparició de gens de resistència als antibiòtics (ARGs) a les comunitats microbianes aquàtiques impactades per activitats antropogèniques. En primer lloc, es van dissenyar assajos de qPCR per quantificar gens de resistència a quinolones localitzats en plàsmids. A continuació, es van quantificar diversos ARGs que confereixen resistència a diversos grups d’antibiòtics en biofilms i sediments d’un punt d’abocament d’una planta de tractament d’aigües residuals (EDAR) i del riu receptor. També es van aïllar soques resistents a la ciprofloxacina i es va analitzar la presència de gens qnr i aac (6’)-Ib-cr i la seva associació amb beta-lactamases d’ampli espectre. Per acabar, es va caracteritzar un plàsmid multiresistent procedent d’Aeromonas sp. En general, es van detectar ARGs en diferents matrius (aigua, biofilm i sediments), tant en bacteriòfags com a bacteris, i en diferents fonts (rius, efluents de diversos hospitals humans i veterinaris, aigües subterrànies, excrements de pollastre i efluents d’EDAR) , el que indica que aquests contaminants emergents estan àmpliament distribuïts en els ambients exposats a activitats antropogèniques
This thesis was supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (RYC-2011-08154) and the Fundación Eugenio Rodríguez Pascual, Spain
Format: application/pdf
Other identifiers: http://hdl.handle.net/10803/671847
Document access: http://hdl.handle.net/10256/19637
Language: eng
Publisher: Universitat de Girona
Collection: info:eu-repo/grantAgreement/MICINN//RYC-2011-08154/ES/RYC-2011-08154/
Rights: L’accés als continguts d’aquesta tesi queda condicionat a l’acceptació de les condicions d’ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Subject: Resistència als antibiòtics
Resistencia a los antibióticos
Antibiotic resistance
ARG
Aigües residuals
Aguas residuales
Bacteriòfags
Bacteriófagos
Bacteriophages
Fluoroquinolones
Fluoroquinolonas
Microbiologia aquàtica
Microbiología acuática
Aquatic microbiology
Microorganismes
Microorganismos
Microorganisms
57 - Biologia
575 - Genètica general. Citogenètica general. Immunogenètica. Evolució. Filogènia
579 - Microbiologia
615 - Farmacologia. Terapèutica. Toxicologia. Radiologia
Title: Occurrence of antibiotic resistance genes in aquatic microbial communities exposed to anthropogenic activities
Type: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Repository: DUGiDocs

Subjects

Authors


Warning: Unknown: write failed: No space left on device (28) in Unknown on line 0

Warning: Unknown: Failed to write session data (files). Please verify that the current setting of session.save_path is correct (/var/lib/php5) in Unknown on line 0