Item


Basis set superposition error effects, excited-state potential energy surface and photodynamics of thymine

En aquesta tesi he estudiat l’efecte de l’error de superposició de base (BSSE) en la planaritat d’algunes molècules. He observat que l’ús d’alguns mètodes de càlcul amb determinades funcions de base descriuen mínims d’energia no planars per les bases nitrogenades de l’ADN. He demostrat que aquests problemes es poden arreglar utilitzant el mètode Counterpoise per corregir el BSSE en els càlculs. En aquesta tesi també he estudiat la fotofísica de la timina i els resultats mostren que existeixen dos camins de relaxació des de l’estat excitat que permeten la regeneració de l’estructura inicial de forma ultraràpida.

The effect of the basis set superposition error (BSSE) on the planarity of some molecules has been studied in this thesis. I have observed that the use of some correlated methods with certain basis sets lead to non-planar minima structures of nucleobases. I have shown that the use of the Counterpoise method fixes these pitfalls in all cases. I have also studied the photophysics of thymine in this thesis and my results show that there exist two decay paths that can regenerate the initial structure of thymine in less than tenths of picoseconds upon photon absorption.

Universitat de Girona

Other contributions: Universitat de Girona. Institut de Química Computacional
Author: Asturiol Bofill, David
Date: 2010 February 5
Abstract: En aquesta tesi he estudiat l’efecte de l’error de superposició de base (BSSE) en la planaritat d’algunes molècules. He observat que l’ús d’alguns mètodes de càlcul amb determinades funcions de base descriuen mínims d’energia no planars per les bases nitrogenades de l’ADN. He demostrat que aquests problemes es poden arreglar utilitzant el mètode Counterpoise per corregir el BSSE en els càlculs. En aquesta tesi també he estudiat la fotofísica de la timina i els resultats mostren que existeixen dos camins de relaxació des de l’estat excitat que permeten la regeneració de l’estructura inicial de forma ultraràpida.
The effect of the basis set superposition error (BSSE) on the planarity of some molecules has been studied in this thesis. I have observed that the use of some correlated methods with certain basis sets lead to non-planar minima structures of nucleobases. I have shown that the use of the Counterpoise method fixes these pitfalls in all cases. I have also studied the photophysics of thymine in this thesis and my results show that there exist two decay paths that can regenerate the initial structure of thymine in less than tenths of picoseconds upon photon absorption.
Format: application/pdf
ISBN: 9788469319901
Other identifiers: DL Gi.322-2010
http://www.tdx.cat/TDX-0305110-113416
http://hdl.handle.net/10803/7943
Document access: http://hdl.handle.net/10256/4871
Language: eng
Publisher: Universitat de Girona
Rights: ADVERTIMENT. L’accés als continguts d’aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d’investigació i docència en els termes establerts a l’art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l’autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s’autoritza la seva reproducció o altres formes d’explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d’un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s’autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
Subject: Photophysics
Fotofísica
Thymine
Timina
Counterpoise method
Método Counterpoise
Mètode Counterpoise
Set superposition error
Error de superposición de base
Error de superposició de base
544 - Química física
Title: Basis set superposition error effects, excited-state potential energy surface and photodynamics of thymine
Type: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Repository: DUGiDocs

Subjects

Authors